皇帝进京的日子，定在了四月十三，所以在四月十二便有第二道诏命发下来，任命官员，底定中央人事。
这些官员之中，有原任，有新任，经此一道程序，便能够统一以新的身份迎接皇帝入城。
份属大九卿的官员任命，理论上是要经过廷臣会推的，但大家现在都还是刚摘掉如夫人牌子的南京官员，因此全凭皇帝中旨特简，无人能有异议。
史可法仍掌兵部，吕大器兵部左侍郎，进原任辽东巡抚黎玉田为兵部右侍郎。
高弘图为吏部尚书，黄道周吏部侍郎。
倪元璐户部尚书，周堪赓户部侍郎。
进顾赐畴为礼部尚书，何楷为礼部侍郎。
迁张慎言工部尚书，进御史卢世溶为工部侍郎。
刘士祯为刑部尚书，贺世寿为刑部侍郎。
韩赞周出任凤阳镇守太监，与马士英一起，总督凤阳诸军。
刘宗周为左都御史，左光先为右都御史。
李沾为太常寺卿。
解学龙为大理寺卿。
许誉卿为光禄寺卿。
姜曰广为詹事府詹事，吴伟业并以少詹事兼侍读学士。
建言科道之中，吏部给事中章正宸，户部给事中熊如林，兵部给事中陈子龙，都是深孚众望的人选。
这一番人事更张，稳中有新，仍是进取气象，大家都很满意。至于以倪元璐掌户部，则是人人都猜得到的事情，都觉得本该如此，没有什么可说的。