“为了防止有人利用科道官员政争，朕决定科道官员的选拔，另用一套办法。”
“以后科道官员，都由吏部和三法司部推，从有资格担任科道的官员中推选，由朕最终决断。”
“佥都御史以上，由群臣提出候选人，朕从其中挑选。”
这是在说佥都御史以上不再廷推，群臣对此议论纷纷。
很多人表示都御史应该廷推，和以前一样推选。
不过朱由检却很坚持，誓要掌握都御史任命权。
眼看陷入僵局，袁可立想着皇帝之前直接任命的佥都御史、副都御史，以及一直没任命的都御史，担心这样下去可能会继续空缺，遂道：
“臣以为都御史推选，当按万历年间旧制，九卿各举一人，类奏以听上裁。”
这个方法得到很多文臣赞同，认为相比完全由皇帝挑选更好。但是也有人不同意，认为还不如皇帝之前说的，群臣都可以提出候选人。
朱由检也不同意，因为九卿人数太少，由他们推选能选择的人很少。所以他考虑之后，说道：
“既然是廷推，那就由参与廷推的大臣各举一人，朕从其中挑选。”
这样各退一步，勉强获得通过。
参与廷推的大臣各举一人，说起来还算廷推，只是不举行投票，皇帝直接挑选。
通过这个办法，朱由检很大程度上掌握了都御史任命权——
他要让都察院成为自己监督群臣的助力，而非监督自己这个皇帝。
这个争议之后，接下来就顺畅了。大理寺以下各寺部推，这是之前就定下的，此时正式确定，朱由检道：
“各寺正卿、少卿，由吏部和相关部门部推，承政使以上大臣推举。”